COUNTIF関数で簡単にカウントできますが、カスタム値が設定されている場合は注意が必要です。
チェックが入っている数をカウントする方法
次の画像では、B3:B9の範囲にチェックボックスが設置されています。
そこでE3セルに次のように入力し、チェックが入っているチェックボックスの数をカウントしています。

E3セル
=COUNTIF(B3:B9,TRUE)
チェックボックスにチェックが入っているとそのセルの値は「TRUE」になりますので、COUNTIF関数を使い第2引数(条件)を「TRUE」とすることでカウントできます。
チェックが入っていない数をカウントする方法
こちらではE3セルに次のように入力し、チェックが入っていないチェックボックスの数をカウントしています。

E3セル
=COUNTIF(B3:B9,FALSE)
チェックボックスにチェックが入っていないとそのセルの値は「FALSE」になりますので、COUNTIF関数の第2引数(条件)を「FALSE」とすることでカウントできます。
カスタム値が設定されている場合
次の画像はチェックボックスの内容を設定している様子です。具体的にはメニューから「データ」→「データの入力規則」と進ん「ルールの追加」をクリック、「条件」から「チェックボックス」を選択しています。
ここで「カスタムのセル値を使用する」にチェックを入れることにより、チェックの有無に対応する値をTRUE/FALSE以外に設定することができます。ここではそれぞれ「YES」「NO」に設定してます。

この場合はチェックが入っているセルの値は「YES」になりますので、当然ながら「=COUNTIF(~,TRUE)」という式ではカウントできません。

この場合は「=COUNTIF(B3:B9,"YES")」とすることでカウントできます。
チェックが入っていないチェックボックスは「=COUNTIF(B3:B9,"NO")」でカウントできます。

TRUE/FALSEの場合と異なり、文字列を「" "」で囲むのを忘れないよう注意が必要です。ただしカスタム値が数値の場合は不要です。